东南数字经济发展研究院按照“11N11”架构体系运行，组建一个数字经济专家委员会，一个联合实验室，N个数字经济研究中心，一个数字经济产业联盟，一个数字经济产业基金。

       研究院已引进移动大数据研发中心、数字空间技术研发中心、数字权益保护研发中心、健康大数据研发中心、传感器智能制造研发中心等，其余N个研发中心正在精心筹划中。